In dem der Entscheidung zugrunde liegenden Sachverhalt war die Klägerin mit ihrem Einzelunternehmen als allgemeine Wirtschaftsberaterin, Verkehrsplanerin und Bauträgerin tätig. Das zunächst zuständige Finanzamt hatte den Einkommensteuer-Bescheid 2001 unter den Vorbehalt der Nachprüfung gestellt. Im Nachgang einer Prüfung durch die Steuerfahndungsstelle erließ das Finanzamt unter Berufung auf § 164 Abs. 2 AO jedoch einen Änderungsbescheid für das Streitjahr, in dem ein Gewinn aus Gewerbebetrieb erfasst wurde. In diesem Zusammenhang blieben als Betriebsausgaben erklärte Provisionszahlungen im Rahmen der Gewinnermittlung des Einzelunternehmens unberücksichtigt.
Nachdem die Klägerin hiergegen Einspruch erhob und es sodann im finanzgerichtlichen Verfahren zu einer Einigung zum Gewerbesteuer-Messbetragsbescheid kam, änderte das zuständige Finanzamt in der Einspruchsentscheidung betreffend Einkommensteuer 2001 den streitbefangenen Bescheid und erfasste den Gewinn aus Gewerbebetrieb entsprechend der Einigung. Gegen diese Einspruchsentscheidung erhob die Klägerin jedoch erneut Klage und trug zur Begründung vor, der im Anschluss an die Fahndungsprüfung ergangene Einkommensteuer-Änderungsbescheid sei wegen eingetretener Festsetzungsverjährung zumindest rechtswidrig. Die vierjährige Regelverjährungsfrist habe mit Ablauf des 31.12.2006 geendet. Der Ablauf der Frist sei weder wegen Ermittlungen der Steuerfahndung nach § 171 Abs. 5 Satz 1 AO noch nach § 171 Abs. 5 Satz 2 AO gehemmt gewesen.
Das Finanzgericht Münster wies die Klage ab und ließ die Revision zum Bundesfinanzhof nicht zu. In seinen Entscheidungsgründen stellte das Finanzgericht Münster fest, dass dem Erlass des streitbefangenen Bescheides der Ablauf der Festsetzungsfrist nicht entgegenstanden habe. Der streitbefangene, aufgrund der Steuerfahndungsprüfung ergangene Einkommensteuer-Änderungsbescheid 2001 sei zwar nach Ablauf der Regelverjährungsfrist am 31.12.2006 ergangen. Der Ablauf der Regelverjährungsfrist sei auch nicht nach § 171 Abs. 5 Satz 2 AO gehemmt gewesen, weil der Klägerin die Einleitung des Strafverfahrens nicht gem. § 122 Abs. 2 AO bekanntgegeben worden sei.
Jedoch habe eine Hemmung des Fristablaufes nach § 171 Abs. 5 Satz 1 AO vorgelegen. Beginnen die mit der Steuerfahndung betrauten Dienststellen einer Landesfinanzbehörde vor Ablauf der Festsetzungsfrist beim Steuerpflichtigen mit Ermittlungen der Besteuerungsgrundlagen, laufe die Festsetzungsfrist gem. § 171 Abs. 5 Satz 1 AO insoweit nicht ab, bevor die aufgrund der Ermittlungen zu erlassenden Steuerbescheide unanfechtbar geworden sind. Voraussetzung für die verjährungshemmende Wirkung der Ermittlungen der Besteuerungsgrundlagen sei eine klare und eindeutige Erkennbarkeit für den Steuerpflichtigen, in welchem konkreten Besteuerungs- bzw. Strafverfahren die Steuerfahndung ermittelt. Bei einem Steuerpflichtigen sei mit den Ermittlungsmaßnahmen begonnen worden, wenn sich die Ermittlungshandlungen gegen den betroffenen Steuerschuldner selbst oder gegen das Vertretungsorgan des Steuerschuldners richten.
Im Entscheidungsfall seien gegen die Klägerin vor Ablauf der Regelverjährungsfrist Ermittlungen durchgeführt worden, wovon sie Kenntnis erlangt habe. Streitig sei zwar, ob für die Klägerin klar und eindeutig erkennbar war, in welchem konkreten Besteuerungs- bzw. Strafverfahren der Steuerfahndung gegen sie ermittelt wurde. Da die Steuerfahndung jedoch Geschäftsunterlagen und Einkommensteuerunterlagen der Klägerin aus dem Jahre 2001 beschlagnahmt habe, lasse dies klar und eindeutig erkennen, dass es um die Einkommensteuer 2001 und hier um die Einkünfte der Klägerin aus dem Gewerbebetrieb ging. Es sei davon auszugehen, dass die Klägerin bzw. ihr Rechtsanwalt von dem Durchsuchungs-/Beschlagnahmeprotokoll unverzüglich und vollständig Kenntnis erlangt habe.
